ظهور ناگهانی جلبك های سبز آبی به عنوان شكوفائی پلانكتونی در نظر گرفته می شود و این شكوفائی معمولا بعد از استفاده از مقادیر قابل توجه و بالائی از كودهای غیر آلی مثل اوره و سوپر فسفات دراستخرها ایجاد می شود ، همچنین بعد از كاربرد برخی از علف كش ها نظیر ۴ـ۲ د سیدیم آرسنیك هم این شكوفائی ایجاد می گردد.در طول فصول بارانی و گرم سال، تعدادی از جلبك های قهوه ای طلائی، سبز و سبز آبی و دیاتومه ها زیاد می شوند به طوری كه آب استخرها، در یاچه ها و مخازن را تیره می كنند و آن را به رنگ سبز زرد در می آورند. در بعضی مواقع كف های سبز زرد شناور در سطح آب ممكن است روی سطح آب توسعه پیدا كند كه به زبان ساده این تجلی رشد جلبك ها، شكوفائی آب نامیده می شود.شكوفائی پلانكتونی منجر به آزاد شدن مقادیر زیادی از دی اكسید كربن شده و كمبود اكسیژن را در طول شب ایجاد می كند. گزارش شده كه دی اكسید كربن در غلظت ۲۰ تا ۳۰ قسمت در میلیون سبب مرگ و میر بالای ماهی ها می گردد، از این رو این تركیب ناخواسته می بایست ریشه كن گردد.
به طور كلی در شكوفائی پلانكتونی ۲ گروه نقش عمده ای دارند:
۱. فیتوپلانكتونها: ارگانیسم هائی كه منحصرا منشأ گیاهی دارند و بنابراین اتوتروف هستند و به اولین سطح زنجیره غذائی تعلق دارند،
۲. زئوپلانكتونها: ارگانیسم هائی كه منشأ جانوری داشته و بنابراین هتروتروف هستند و به دومین سطح زنجیره غذائی تعلق دارند.